자폐장애는 만성 질환으로 예후는 대체로 나쁜 편입니다. 예후는 자폐아동의 지능 정도와 언어발달 정도에 따라 결정 될 수 있습니다. 일반 적으로 예후에 영향을 줄 수 있는 요인으로는 조기발견 및 조기교육 받은 시기, 교육 시간, 사회적 기능의 정도, 대인관계를 포함한 사회행동의 정도, 전반적인 발달수준입니다.

처음 진찰할 때 지능이 70 이상이고 5-7세에 말을 하였으며 특수교육을 받은 자폐아동에서 예후가 가장 좋은 것으로 알려져 있습니다. 성인이 된 후에는 15% 정도는 직업을 갖고 독립된 생활이 가능하며 20% 정도는 간헐적으로 가족이나 타인의 도움을 받으면 생활 할 수 있습니다. 그 외는 가족에게 많은 부분을 의존하며 살게 됩니다.